铜银离子灭菌器由主机和副机（铜、银电极室）两部分组成。当水流过副机电极室，主机产生的低压直流电能供给副机的电极，电极由两个金属阳极和两个金属阴极组成，电流通过时阳极会产生铜、银离子并扩散到水中，使水得到净化。铜、银离子杀菌功能是由带正电的铜银离子和带负电的细菌细胞相结合，铜银离子穿透细胞壁与细胞内特定部位的DNA及RNA相结合，破坏细菌细胞的蛋白酶和呼吸酶，造成细菌细胞的溶解和死亡。试验证明,0.4mg/L的铜离子和0.04 mg/L的银离子及一定量的其它消毒剂联合使用效果较好。由微型电脑控制器通过控制直流电流的大小来控制产生铜银离子的数量；并设置时间控制极性转换，防止电极不平等消耗，当两电极已消耗尽时，更换一对新的电极便可继续使用。