瓶装包装线可用热碱水冲洗，中和，热水冲洗，高温蒸汽灭菌。操作环境可采用化学灭菌和物理灭菌相结合的方式进行无菌处理。一般无菌室配备空气过滤装置和紫外线杀菌装置，以保持无菌室的恒定无菌状态。可以定期进行紫外线照射以杀死空气中的微生物。确保无菌室的洁净度、温度和湿度应符合规定标准（温度一般控制在18摄氏度左右，湿度一般在55%左右）。

     操作环境杀菌是防止细菌和其他污染物进入操作环境。杀菌主要通过过滤和除尘来实现。一般对无菌操作空间内的空气进行杀菌、二次过滤、加热杀菌，产生无菌超压空气。超压状态确保环境细菌空气不会渗入无菌工作区域。瓶装包装线的灭菌常采用环氧乙烷处理。因为环氧乙烷气体对乙烯基塑料有渗透作用，而且包装机中很多与食品接触的零件往往都是用乙烯基塑料制成的，当用环氧乙烷进行杀菌消毒时，

在输送过程中，要保持接头、阀门、换热器、均质器、泵等的密封性，并保持系统内部的正压状态，以保证外界空气不进入。同时，要求传输线尽可能简单，便于清洁。无菌包装系统设备的灭菌处理一般采用CIP原位清洗系统进行，清洗程序可根据产品类型根据灭菌要求设置。应在无菌操作环境中设置检测装置，监测环境中微生物的数量，确保包装产品的无菌性。

保证自动包装封口的无菌性：包装封口是无菌包装的个环节，也是一个关键环节，直接影响产品的包装质量和保质期。要求一方面可以防止微生物和气体或水蒸气的侵入，另一方面不能让产品本身的气味和原液溢出。大多数无菌包装采用热封、超声波封口、胶封或气封的方式进行密封，也有的采用折叠和卡扣的方式进行密封。

密封时应注意压力应均匀分布在密封面上；封口过程的条件，如封口温度、时间、压力等，必须有安全限制，并且可以控制；密封面应避免产品或其他污染；封口位置必须准确，特别是在同一台机器上进行热成型/灌装/封口时，应防止封口位置出现偏差。